在微波杀菌技术不断提高的过程中，它也被越来越多的行业所应用。
微波杀菌在工业生产中和微生物实验中应用比较广泛。微波杀菌不需要添加化学防腐剂，因而是以后总物理杀菌方法，杀菌过程中不会对食品残留毒性也不会改变食品的营养成分，因此是安全无害的。同时在同等杀菌温度下，用时短效果好，避免因长时间加热影响食品品质，对于既要保持色泽、香味和口感不变等质量要求又需杀菌的物料，使用微波杀菌可取得***佳效果。根据微波杀菌的前后顺序又可以分为两类：包装后杀菌和包装前杀菌，一般用塑料软包装或玻璃，以工程塑料质地容器为宜。同时为防止在微波杀菌过程中涨袋，设备可在工作仓内施加压力采用反压杀菌工艺，防止涨袋损失。
微波杀菌技术的应用，在食品卫生等领域取得了良好的使用价值。
