微波杀菌机在食品行业的应用越来越广泛，特别是近来食品出现的安全问题越来越受人关注。
微波杀菌机的自动化发展使得其在别的行业中也用处更加广泛，比如医疗和高科技领域，但是工业中用处还相对较少。因为微波杀菌机在特定条件下的杀菌效果与设备性能还有一定要求，否则将影响食品质量等，搞清微波杀菌的机理对于推广实际应用具有重要的意义。
微波杀菌机的发展也是人们对生活质量要求不断提高的一个过程，因为它与人们的饮食生活息息相关。虽然灭菌的方式有很多，但人们出于对环保和经济的要求，很多还是会选择微波杀菌机，食品行业的相关设备不断发展，未来也会有几个明确的发展方面：比如会要求杀菌设备的工作温度和工作压力能适应高温短时杀菌工艺的要求；充分提高杀菌设备的传热效率，提高热能和水的利用率，以节约能源；一机多用，适用于不同罐型、不同物料、不同品种的杀菌；要求杀菌过程实现温度、时间、加热、冷却和反压操作的微机自动控制。随着人们不断研制新型技术和设备，在食品行业中的作用将会越来越大。
微波杀菌机的适用范围较广，但是很多小型企业由于受成本控制而并没有使用杀菌设备，出于为人们的健康考虑，经济型的微波杀菌机还是有必要建立起来。
