设备运行时，由微波发生装置通过馈能波导将微波馈入微波加热箱体中，物料由传送带连续送入箱体中。物料中的水分子在外界高速交变的电磁场作用下而产生快速旋转，故分子间产生剧烈摩擦而发热致使微生物死亡和水分蒸发，加上微波的非热效应以每秒几亿次的穿透速度破坏微生物细胞的正常新陈代谢功能，导致微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡，从而达到干燥、杀菌的目的。
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