微波食品杀菌设备主要运用微波对食品进行辐射进行杀菌，微波杀菌主要靠微波的生物效应和热效应。食品在微波的辐射下细胞膜断面的电位分布受到影响，造成细胞膜周围电子、离子浓度和细胞膜的通透性能改变 ，造成细胞营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。
　　微波的热效应是菌体由于吸收微波能升温。使物料的水分子升温挥发，从而使细菌体内蛋白质同时受到无极性热运动和每秒钟24.5亿次震荡的作用，使其空间结构变化或破坏，而使蛋白质变性。蛋白质变性后就失去生物活性。
　　食品微波杀菌设备早是应