在袋装食品的杀菌保鲜问题上，微波的穿透性、不破坏营养成分和低温杀菌等点，呈现出明显的优越。上海口福食品总厂选用2450兆赫微波，对袋包熏鱼、叉烧、麻雀、肉松等熟食品的杀菌处理，细菌杀灭率在95%以上。
    实践表明微波杀菌可广泛用于各种熟食品（鱼、肉、豆制品、酱菜等）和饮料。近年来鱼片干的市场需求不断增长，部分产品还远销国外，但长期以来均因缺乏有效杀菌手段而出现产品霉变现象，采用2450兆赫40千瓦微波处理设备，不仅具有加热干燥功能而且有杀菌灭酶效果，现已广泛应用于鱼片烘干和熟化烘烤，节能效果50%以上，鱼片酥软可口。

现在微波技术广泛用于牛肉干、猪肉脯、鱼片、酱囟肉、鸭肉、鸡肉等制品的热化、干燥和杀菌，成功地将该产品推向市场取得良好的效果。如果该酱囟肉不采用微波杀菌和保鲜技术，则三天左右时间将会腐败，严重影响销售，达不到预定经济效益。在系统生产熟食品的整个过程中安排一段微波杀菌保鲜工艺将解决延长食品保鲜的关键手段，肉制品经微波杀菌后，其鲜度、嫩度、风味均保持原样，卫生指标完全可低于国家食品卫生标准，货架贮存时间可达6–7个月，微波对肉制品杀菌、保鲜技术的成功应用，由原来保鲜期3天，延长到6–7个月，已将该项技术成果提高到崭新阶段。

杀菌，而包装材料如PET塑料、玻璃、纸张、陶瓷等，因其不吸收微波，所以不会发热，这样产品更卫生，避免二次污染。不过需要注意的是，由于金属、铝箔可以反射微波而不被穿透，所以包装材料不能采用金属材料或者含有金属成分（如贴有铝箔的塑料薄膜）。其次，用微波处理袋装或瓶装药、食品时，因包装内的食品、药品会发热，造成气压升高，如果完全密封且气压过大，气压可能会冲破包装。解决的方法有：

1、先用微波杀菌然后迅速密封或加盖。

2、密封后放置要压力容器内再用微波杀菌。

3、真空包装后再用微波杀菌。