食品包装纸在生产、运输和保存过程中，极易受到病原微生物的污染，常规的化学或物理杀菌方法都会损及纸的品质，尤其是化学杀菌方法，甚至会因其臭味而降低纸的使用价值。用紫外线灯进行灭菌，能杀灭包装纸表面各细菌的大部分，效果亦不理想。微波杀菌比常规加热消毒所需温度低，其杀菌机理除热效应外，还有某些非热效应（如光化学效应）、电磁共振效应和均致力效应等，可以方便地用于食品包装的灭菌中。
    食品包装用纸大都涂有一层石蜡，不耐高温消毒，但用微波杀菌时，温度可达到灭菌的需要。但在使用时也应控制好温度和时间，以免造成纸质损坏。同样用微波消毒饭票、纸币、纸巾，于75℃、3秒钟能杀灭试验的微生物，且具有经济、快速、便于自动化等优点，故微波消毒是银行、金融机构、食堂、等单位对于经常流通而带有强污染性的非金属货币、***消毒值得采用的一种方法。